EMBOSS
tryalnigro
2012-04-13
...りもギャップが少ない。 スペースが読めない。 ・wordmatch 完全一致部分を見つけるもの スペースが読めない ・showalign emmaがないので読めない ・restrict ・remap 制限酵素系はまだ入ってないみたい ・preg 正規表現が難しいのでパス（ ・revseq 前やった。配列の逆・相補変換。 ・backtranseq どのコドンを使って逆翻訳してんの ・fuzzn...
Terra-Khan
#7 適応遺伝子探索： AFLP 全ゲノムスキャンと次世代シーケンシングのコンビ
molecojp
2012-03-23
...レンスゲノムデータが無く（GWAS 出来ない），遺伝マーカーも開発されていないような生物種にもすぐに適用できそうに思われます． また AFLP ベースなので再現性は良いです． ただし，検出できる多型は制限酵素認識部位＆プライマー部位（認識部位の隣接数塩基）のそれを反映したもののみです． 幾種類かのプライマーペアを使うことで探索空間を拡げます． （参照： Life Technologies &...
busy day
pushmi-pullyu
2012-03-14
...ったし)，シークエンスは変だし(もともと思っていたのに加えて余分な配列が含まれていたのでそれが分かるまでに時間がかかったし)，ライゲーションはうまくいかなかったし，もっかいインサートのPCRから初めて制限酵素変えて切って，ライゲーションしてトラフォメまで持っていったし，種の滅菌が不十分だったのをし直したし，交配用の植物を準備するための種をまいた． うん.こうして振り返るとちゃんと成果として進...
小宮山眞教授最終講義
TodaiGCOE
2012-03-12
...てこられました。その研究の一端は、以前このブログでもお伝えした通りです（第1回、第2回）。 小宮山眞教授 最終講義では、30億塩基対にも上るヒトDNAの、1ヶ所だけを正確に見極めて切断する「スーパー制限酵素」の開発に至るまでの道のりがユーモアを交えて語られました。学部生時代がちょうど東大紛争の時期に当たり、講義をほとんど受けられなかったことがかえって向学心につながったこと、卒業研究のテーマ...
Valentinstag
st1215
2012-02-14
今日は、PCRだの制限酵素処理だのを含むつまらないコンストラクト作り作業と、E.coliからのタンパク精製と、植物からのタンパク抽出およびウェスタンとを同時並行でこなし、さらにここにデパートメントセミナーとグループミーティングが被さって、なかなかケイオティックなスケジュールになった。 わてはこういう時には時間配分をスケジュール帳（つっても実際はただのカレンダー）にちょこちょこ書いておくのだが、ご丁...
震災・原発・自然エネルギー〜120212朝
kuhuusa-raiden
2012-02-12
目次：くわしくは>>>下 ・放射性物質拡散予想図と測定結果、風向 ・藤波心ちゃんのメッセージ「さようなら原発2．11」 ・2.11さようなら原発1000万人アクションin東京の模様 ・2012年2月11日(土) IWJ佐賀1「小出裕章先生 講演会」視聴者の声 ・2号機温度、約75度に上昇＝冷却水、毎時1トン増で対応−福島第1 ・東電、原発線量マップまず米側へ 公表の1カ月以上 ・...
日本国内の子宮頸がんにおけるHPV16/18型の割合
usausa1975
2012-01-18
...V 陽性率は 76.1%、HPV 型別の頻度は上位から HPV16(17.5%)、HPV52(15.0%)、HPV51(11.0%)、HPV31(6.3%)、HPV58(3.8%)であった。 PCR/制限酵素消化断片多型法を用いた報告 22)では、細胞診正常女性 24 (1517 例)、CIN 患者(CIN1:318 例、CIN2/3:307 例)、子宮頸部浸潤がん(140 例)を対象に H...
遺伝子診断
muscatseye
2011-11-16
...イゼーション）。するとプローブに連れられて、供試DNAの目的の塩基配列の所に自動的に見出し（蛍光色素）が付くのです。これだけだと、どこに見出しが付いたか判別できないので、ハイブリダイゼーションの前に、制限酵素（ハサミ）で適当な大きさに切り刻み、机の上（ゲル板）に大きさの順番に並べておきます（電気泳動）。これで、この本の全て（全ゲノム）を読んだわけではないのに、違い（多型）を認識（遺伝子診断）...
HiCEPを使った研究事例をご発表していただきます
Yunokawa
2011-11-05
...関連して転写産物の量が変動する遺伝子候補を提供する手法で、おそらく他のどの方法よりも、信頼性の高い候補を多く得ることができる優れた手法であると思います。その精度が出る理由は、（1）1種類の転写産物から制限酵素を用いて1種類の断片のみを得、それを測定対象とする手法であること、つまり、測定対象を転写物全長ではなくフラグメントに限定したこと、（2）すべての転写産物が手技の対象となること、つまり、漏...
皮膚科専門医Clinical Exercises 用語編 281用語
kit3
2011-10-24
皮膚科専門医Clinical Exercises 用語編 281用語 1 5-S-CD5-S-cysteinyldopa 2 α-樹枝状細胞 3 ADCC antibody dependent cell-mediated cytotoxicity 4 Agouti(アグチ)蛋白Agouti protein 5 ANCA（アンカ）anti-neutrophil cytoplasmic autoan...
ICSU総会とこのシンポジウム
tgojobor
2011-09-30
...強い意向を示したため、Giorgio Bernardi先生と考えた当初の概要とはかなり異なることになりました。 したがって、CODATAとしては参加しないことにした次第です。ノーベル賞受賞者としては、制限酵素の発見でノーベル賞を受賞したWerner Arber博士にお願いすることになりました。 実は、このような長いいきさつの末に、この国際シンポジウムが実現したのですが、Giorgio Ber...
2011-09-28
gen-x-topper
2011-09-28
...しでしょうか？ 僕はといえば、セオリー通り鼻風邪引いてます。軟弱。 実験について。 液体培養をした結果、生えが悪いのが1つ2つありましたが、特に支障はないので、プラスミドの回収を行いました。 その後、制限酵素でプラスミドを切って電気泳動でインサートの確認。 結果、2サンプルほど確認できないものがありました。 がその他のサンプルはまぁ見えていたので、この後、シークエンスにかけて配列を見たいと思...
ニセエクソンはなぜmRNAに含まれないのか？
jojo2009
2011-09-25
...り取りの際に投げ縄構造ができるのにポリピリミジントラクトという短い配列が必要だが、これがないとちゃんと編集されない。逆にエクソンの組み込みを促進する配列があり一例としてASF/SF2の結合配列がある。制限酵素の認識サイトのような厳格さはないがAGGAを含むプリンの多い配列だ。そうはいうものの「これがちゃんとしたエクソンだ」と見てわかる手がかりが少ないのでAGとGTで囲まれているオープンリーデ...
制限酵素認識配列の座標をプロットする -座標プロット編-
hornistyf
2011-09-15
...込ませると、デフォルトでCoding sequence(CDS), GC content, GC skew を表示してくれる。 このとき、CDSは両方の鎖にそれぞれプロットされるので、CDSの代わりに制限酵素認識配列の座標をプロットすれば今回の目的は達成出来る。 そのためには、CDSの代わりに認識配列を書き込んだgenbank fileを作成する必要がある。先のコードを改良すれば、genba...
2011-08-08
clemin
2011-08-08
...増加は確認できんと．どゆこと？メカニズムが分からん．減数分裂だけがやばいの？ ────────── Nat. Biotechnol. 29, 731–734 (2011)．DNA結合因子＋制限酵素 (TALENs) で，ヒトES, iPS cellで高効率にtargetingする技術．ZFNsとストラテジーは全く同じ．植物のpathogen由来のものみたい． ──────────...
制限酵素認識配列の座標をプロットする -座標抽出編-
hornistyf
2011-07-21
「バクテリアゲノム上の制限酵素認識配列の分布を知りたい」と言われたので、作業してみた。 要件・これまでの制限酵素の認識配列として見つかってない配列でも検索したい ・認識配列がパリンドロームじゃないときはtop, bottomの両鎖での分布を見たい ・環状にプロット ・GC contentなど、他のパラメータと比較できるとよい > 1. 出来れば手抜きをしたいが、既存のWebアプリを使えない...
時間に余裕を持って・・・
bunshi
2011-06-08
...た木原さんは、現在、乳酸菌やビフィズス菌の培養方法や糞便からの菌の分離方法などを習得することに力を注いでいます。また培養されてきた菌からDNAを抽出したのち、PCRで増幅させた16S rDNA遺伝子の制限酵素切断長多型（PCR-RFLP）を利用して細菌群を分類する手法を学んでいます。 昨日は、大学院2年の山根君が複数のサンプルを準備し、木原さんがPCR-RELPで菌種を当てるといった作業を進...
文献ゼミ：メタン生成水田土壌での酢酸とプロピオン酸のターンオーバーに関与する可能性のある細菌及び古細菌群集構造における温度変化の影響
microbiolog
2011-06-07
...析し、温度変化における微生物群集構造とメタン生成プロセスの違いを調査しました。 【要約】 35℃と45℃で培養されたイタリアの水田土壌における微生物群集構成はメタン生成経路と共にT-RFLP（末端標識制限酵素断片多型分析）と安定同位体分別を用いて研究されました。細菌と古細菌の両構成は45℃と比べ35℃で異なり、酢酸分解性、水素資化性メタン生成古細菌がそれぞれ優占していました。45℃の土壌の異...
知らぬはわが輩ばかりなり・・・か？（w/ 追記１＋追記２）
Don_Xuixote
2011-05-30
台風の影響による風雨が少し弱まった昨夕、帰路にいつものブックオフにちょっとだけ立ち寄った。前に見ていたある本について店員さんに尋ねたいことがあって、いつもはあまり見ないジャンルの棚の前に行った。その本は売れていたようだったが、その横手に「日本史」の棚があり、10数冊の一般向けの本が並んでいた。その中に「逆転の日本史」編集部（編）『日本人のルーツがわかる本』（洋泉社、1999年）があり、またこれが...